櫻花鉤吻鮭屬於鮭鱒魚類，水溫往往是決定族群分布與延續與否的重要因素。而多年來的七家灣溪水溫與櫻花鉤吻鮭分布研究，除了發現各河段水溫逐漸上升，使得 一般人認為合適鮭魚生存的低水溫環境改變。觀察研究指出，台灣櫻花鉤吻鮭成鮭分布的水溫上限應該是17℃，若以溫度最高的夏季七月平均水溫來看，原本等溫線在七家灣溪下游匯流點附近的河段，1999年的估算則已經上移到中游河段。
2.棲地環境的破壞
由於櫻花鉤吻鮭生存流域大多已受到保護，因此颱風與豪雨等天然災害是七家灣溪流域棲地環境最大的殺手！1996年7月31日賀伯颱風入侵，帶來的豐沛雨量帶來許多土石坍方，七家灣溪的河床有超過兩人高的砂礫泥土淤積在兩旁，高山溪的溪水混濁達一星期。除了直接對鮭魚造成的死亡損傷外，最大的影響就是原本的棲地環境完全改觀，原本是重要棲地的深潭區域，淤積成流速快流量大急瀨；整個七家灣溪原本具有各類不同棲地環境，現在卻變成單一的急瀨急流。
3.攔砂壩造成生存河段分割而使得鮭魚無法自由遷徙上溯
攔砂壩擠在這短短七八公里的河段，將整個七家灣溪流域切割成一個個小河段，尤其是繁殖時期，性成熟的櫻花鉤吻鮭除了尋覓合適的棲地環境之外，更必須尋求合適的水溫環境。攔砂壩並且會造成上游河段遭豪雨沖移到下游的鮭魚族群無法上溯回原本的棲息地。這樣的現象將造成上游族群逐漸萎縮，使得大多數族群集中在比較下游的河段，若下游族群自然更新不良，則對整個鮭魚族群將造成重大危機。
4.人類漁獵與遊憩壓力
櫻花鉤吻鮭現存河段都是國家公園境內的生態保育區，並且在1997年依據『野生動物保育法』公告為野生動物保護區。所以今日的櫻花鉤吻鮭受到的獵捕壓力應該已經消失。但事實上，因櫻花鉤吻鮭的名聲大躁，反而吸引有心人的注意。因為在豪雨或颱風季節過後，往往有些族群被沖移到更下游的地方，這些地方因為水溫過高，棲地環境不適鮭魚生存，但又因攔砂壩阻隔鮭魚回溯，使得這些倖免於難的個體也無法生存。而這些更下游的河段也往往超出保護區的範圍，因此失去人為獵捕行為的法律規範而無法有效遏制。另外，每年進行復育放流的鮭魚幼苗，也曾經在保護區範圍之外的櫻花鉤吻鮭歷史分布河段放流，雖然已經建立族群，但是由於不易管制，最後仍為釣客與獵人以為是當地飼養逸出的虹鱒而捕抓殆盡。
5.溪水優養化
七家灣溪是位於農場之中，農場施灑的有機肥料皆透過地下流到七家灣溪中，造成水域營養鹽過迥而致使溪水優養化。原本高山溪流的溪水是剛從岩石縫或土壤中滲出的，並無什麼營養鹽，水生植物及藻類因缺少營養鹽而不易生長。所以一條正常的高山溪流幾乎不會有太多藻類生長的。而我們所看到的七家灣溪卻是為溪床鋪上層綠色地毯（絲藻）。綠色溪床的景緻也許很美，但卻潛藏著夜晚溶氧不足及酸鹼值改變的危機。除此之外，農場中農藥的使用也導致櫻花鉤吻鮭的食物－水生昆蟲的數量受到影響。而農藥這些化學物質，也許正透過食物鏈的循環及生物累積的放大作用，逐漸侵蝕著這批僅存櫻花鉤吻鮭的健康。
參考資料：
清華大學生命科學系 製作。2001.9.14。台灣瑰寶-櫻花鉤吻鮭的家。2007/06/12
取自 http://www.life.nthu.edu.tw/~labtcs/Salmon/
參考資料：
清華大學生命科學系 製作。2001.9.14。台灣瑰寶-櫻花鉤吻鮭的家。2007/06/12
取自 http://www.life.nthu.edu.tw/~labtcs/Salmon/
洲仔溼地入口處
濕地吸引鳥類前來
洲仔溼地
2.內陸濕地：是因為雨水、地下水、伏流水、非感潮河段或溪流、湖泊及池塘所形成的濕地生態系統。
